Μέσα από τα πλεονεκτήματα των wiki προκύπτουν ορισμένα σημαντικά μειονεκτήματα τα οποία σχετίζονται τη διαφάνεια και την ευκολία στη χρήση. Με σχεδόν οποιοδήποτε να επεξεργαστεί τις σελίδες που υπάρχουν μπορεί να προκύψει πρόβλημα ως προς την αξιοπιστία και την ακρίβεια. Ενώ αναμφισβήτητα η διαδικασία της συνεργασίας οδηγεί στην επιβίωση του ισχυρότερου μέσα σε μια ιστοσελίδα, η ειλικρίνεια των πηγών μπορεί να διασφαλισθεί μέσω της προσεκτικής παρακολούθησης, με μετριοπάθεια και τη λειτουργία του συλλογικού πνεύματος σ’ ένα κλειστό και ασφαλές ψηφιακό περιβάλλον.
Συγκεκριμένα τα χαρακτηριστικά που υπό κάποιες συνθήκες θεωρούνται πλεονεκτήματα υπό άλλες συνθήκες μπορούν να αποτελούν μειονεκτήματα:
το wiki είναι ευάλωτο στα spam και στο βανδαλισμό, ο οποίος είναι σταθερό πρόβλημα λόγω της ανοιχτής φιλοσοφίας των wiki αν δεν γίνουν οι απαραίτητες ρυθμίσεις και χειρισμοί προστασίας
είναι απαραίτητη η σύνδεση στο internet για την προαγωγή της συνεργασίας αν και σημειώνονται εξελίξεις στις τεχνολογίες παραγωγής εκτυπώσιμων εκδόσεων των άρθρων
η ευελιξία της δομής ενός wiki μπορεί να σημαίνει ότι η πληροφορία γίνεται ανοργάνωτη. Όσο μεγαλώνει το μέγεθος ενός wiki, η κοινότητα σχεδιάζει και διαχειρίζεται τη δομή συλλογικά
ο καθένας μπορεί να τροποποιήσει το περιεχόμενο και μπορεί αυτό να αποτελεί υπερβολική ελευθερία για κάποιες εφαρμογές. Για παράδειγμα, όταν πρόκειται για εμπιστευτικά έγγραφα. Ωστόσο υπάρχει η δυνατότητα ρύθμισης της πρόσβασης που έχουν οι χρήστες στα περιεχόμενα.
Το περιβάλλον του wiki δεν προκαλεί την "αίσθηση της κοινότητας" ως διεπαφή, κάνοντάς το έτσι όχι και τόσο ελκυστικό στους μαθητές.
Τα κείμενα που γράφει κάποιος μαθητής, μπορούν να αλλάξουν εύκολα από συμμαθητές του, με αποτέλεσμα πολλές φορές να δημιουργηθεί εκνευρισμός.
Κάποιοι μαθητές μπορεί να γίνουν πολύ ανταγωνιστικοί όσον αφορά τις αλλαγές στο κείμενο, ενώ κάποιοι άλλοι να διστάσουν να παρουσιάσουν δημοσίως ένα μη τελικό κείμενο.
Δεν υπάρχουν διαφορετικού τύπου δικαιώματα στη συγγραφή / σχολιασμό / δημιουργία νέων σελίδων ώστε να μπορεί να ελέγχεται το wiki.
Μειονεκτήματα
Μέσα από τα πλεονεκτήματα των wiki προκύπτουν ορισμένα σημαντικά μειονεκτήματα τα οποία σχετίζονται τη διαφάνεια και την ευκολία στη χρήση. Με σχεδόν οποιοδήποτε να επεξεργαστεί τις σελίδες που υπάρχουν μπορεί να προκύψει πρόβλημα ως προς την αξιοπιστία και την ακρίβεια. Ενώ αναμφισβήτητα η διαδικασία της συνεργασίας οδηγεί στην επιβίωση του ισχυρότερου μέσα σε μια ιστοσελίδα, η ειλικρίνεια των πηγών μπορεί να διασφαλισθεί μέσω της προσεκτικής παρακολούθησης, με μετριοπάθεια και τη λειτουργία του συλλογικού πνεύματος σ’ ένα κλειστό και ασφαλές ψηφιακό περιβάλλον.
Συγκεκριμένα τα χαρακτηριστικά που υπό κάποιες συνθήκες θεωρούνται πλεονεκτήματα υπό άλλες συνθήκες μπορούν να αποτελούν μειονεκτήματα: